Formados en 1991 en el suburbio llamado Calabasas, California, los miembros del grupo, Brandon Boyd (voz, percusión), Mike Einziger (guitarra), Alex Katunich (también conocido como Dirk Lance; bajo), y José Pasillas (batería) eran compañeros de clase en el décimo grado cuando se conocieron.

Su sonido funk-metal tenía fuertes influencias de Red Hot ChIli Peppers, pero se expandieron a través de los siguientes años para incorporar thrash, rap-metal, rock post grunge y un agresivo metal-alternativo a la Korn o Deftones. Para el momento en que se graduaron de la secundaria ya daban conciertos regularmente en el sur de California.

En 1995, Incubus añadió al DJ hip-hop, DJ Lyfe (también conocido como Gavin Koppel) a sus filas, y grabaron el álbum independiente Fungus Amongus. Eso, junto con sus seguidores locales, ayudó a la banda a conseguir un trato con la subsidiaria de Epic, Inmortal.

El primer lanzamiento de Incubus con una disquera mayor fue el EP de seis canciones Enjoy Incubus, que salió en 1997 y consistió de demos previos que fueron arreglados en el estudio. Más adelante, ese mismo año, salió su primer LP, S.C.I.E.N.C.E. Incubus salió de gira con furia, abriendo para bandas como Korn, Primus, 311, Sublime, y Unwritten Law.

Para el verano de 1998, la banda había acumulado suficiente reconocimiento como para ganarse un lugar en la gira Ozzfest de ese año. También terminaron el año como parte de la gira inaugural de Korn, llamada Family Values, con DJ Kilmore (primer nombre: Chris) como reemplazo permanente de DJ Lyfe. Mientras crecía lentamente su impulso y publicidad, Incubus regresó al estudio y entregaron su segundo álbum, Make Yourself, a finales de 1999. El grupo salió inmediatamente de gira, y el Ozzfest les ayudó a consolidar el nuevo público que les había dado el sencillo "Pardon Me".

Aunque Make Yourself apenas alcanzó las Top 50 de las listas, vendía constantemente y eventualmente alcanzó el doble platino. El segundo sencillo, "Stellar" tuvo un pequeño éxito en la radios rock, pero el éxito más grande del álbum no salió a la radio hasta el 2001; "Drive" seguía en la memoria del público cuando sacaron el tercer álbum, Morning View, en otoño del 2001. Entró en las listas en el puesto número dos, confirmando el hecho que Incubus se había ganado su fama trabajando diligentemente. "Wish You Were Here", "Nice To Know You", y "Warning" fueron populares en la radio, y la banda salió nuevamente de gira, esta vez como banda titular.

En abril de 2003, la banda anunció la despedida del bajista Dirk Lance. A los pocos días, el guitarrista Mike Einziger llamó a su compañero de Time-Lapse Consortium, Ben Kenney, para ser el reemplazo permanente de Lance. Al año siguiente lanzaron su cuarto álbum, A Crow Left Of The Murder que los sigue manteniendo en las primeras posiciones de los rankings.

Los integrantes pasaron los siguientes dos años de forma individual explorando actividades fuera de la banda -incluyendo música, arte, cine y literatura- aunque también no se olvidaron de trabajar y terminar su sexto álbum, que fue grabado durante un año, tanto en L.A. como en Atlanta. El disco resultante, Light Grenades, debutó en la cima de los charts mundiales tras su lanzamiento en noviembre de 2006.

Los músicos, inmediatamente retomaron sus actividades individuales, con Boyd anunciando a principios de 2008 que el grupo había tomado una pausa indefinida. Sin embargo, el año siguiente los encontró juntos nuevamente en la realización de la compilación de hits (disco doble) Monuments and Melodies y retomaron su presencia sobre los escenarios durante una gira de verano.