La dirigencia de San Lorenzo de Almagro llegó a un acuerdo con Iker Munain para que asuma como director técnico en lugar de Gustavo Álvarez, quien se fue de forma conflictiva porque no le trajeron los refuerzos que pidió y porque no pudo declarar prescindible algún que otro jugador.

Tras su decisión de dejar el fútbol profesional a mediados de 2025 con la camiseta del azulgrana, asumió en el CD Derio, con el equipo de la quinta división de España y hasta estuvo a punto de lograr el ascenso. Esa buena campaña provocó que lo llame Salamanca y cuando ya tenía todo acordaron, le preguntaron desde el conjunto de Boedo si quería ser el DT y no lo dudó.

Después de haberse retirado como futbolista a mediados de 2025 con la camiseta del Ciclón, el vasco tomó las riendas de CD Derio. Con el equipo de la quinta división española estuvo cerca de lograr el ascenso y su trabajo provocó el llamado de Salamanca, de la cuarta categoría de aquel país.Una de las cláusulas que incluyó fue una salida sin costos en caso de que hubiera un interés concreto por parte de San Lorenzo y la rescisión se produjo en cuestión de horas.

También es una realidad que San Lorenzo fue a buscar primero a Ramón Díaz, quien rechazó la propuesta y sonaban Rubén Darío Insua y Néstor Gorosito, pero se decidieron por Munain.