A dos días de que el presidente Mauricio Macri aceptara reunirse con los familiares de los tripulantes del submarino desaparecido el 15 de noviembre del año pasado, se conoció una "Orden de Operaciones" catalogada como "Confidencial" por la Armada Argentina, por la cual el ARA "San Juan" tenía la misión de "vigilar y controlar" buques frigoríficos, pesqueros y de otras banderas, así como aeronaves que respondan a la gobernación de las Islas Malvinas. Se trata de la "Orden de Operaciones del Comando de la Fuerza de Submarinos" N° 04/17, con fecha del 24 de octubre de 2017, días antes de la desaparición de la nave argentina. Este documento le ordenaba al submarino ARA "San Juan" que debía "obtener reconocimiento preciso" y "localización, identificación, registro fotográfico/fílmico" de aeronaves militares y logística que responden a la gobernación de las Islas Malvinas y a la Real Fuerza Aérea británica.

Esta misión constaba de varias etapas de "adiestramiento" hasta llegar a la etapa final de control de la zona de patrullaje denominada "Juliana", área que el Reino Unido considera como propia y de haber detectado al submarino argentino podría haberlo interpretado como una invasión. Según una investigación del periodista Andrés Klipphan, el documento de 7 páginas establece que durante la misión "primará la seguridad de las unidades submarinas en todo momento" y solicita establecer "rutinas de tránsito y patrulla acordes con el mantenimiento de un elevado estado de alerta, visto el riesgo que implica la navegación cercana a pesqueros".

La semana pasada se reveló que el 9 de julio de 2017 el ARA San Juan "detectó por audio el rumor sonar de un posible submarino nuclear". El acercamiento de la supuesta nave de guerra del Reino Unido había sido "constatada una hora antes ya que se la tenía por registrador". Por ese motivo, la tripulación que había zarpado de la Base Naval de Mar del Plata el 1° de julio, recibió la orden de "disminuir los ruidos al máximo" y proceder "a grabarlo". Esta información se mantuvo en secreto, al igual que la orden que limitó la "profundidad operativa" del ARA a solo "100 metros", ya que una mayor profundidad "no garantizaba su estanqueidad".

Luego, se supo que el 7 de julio el submarino tuvo contacto con un pesquero chino, el cual "comenzó a propulsar a gran velocidad" rumbo a la posición del submarino. Este hecho obligó al capitán a sumergirse y a realizar "maniobras evasivas" para evitar una colisión con el barco chino.