El vocero de la Armada, Enrique Balbi, explicó ante la prensa que, finalmente, hubieron varias comunicaciones con el submarino, antes de su desaparición, el 15 de noviembre por la mañana. Sin embargo, deslizó que hubo entre cuatro y cinco contactos, aunque el informe de la empresa de telecomunicaciones plasmó ocho.

"Tenemos un listado que en su momento lo recibimos de la empresa que brinda el servicio satelital, corroborando la planilla de telefonía y datos. Son las primeras llamadas del comandante, informando de la falla y cortocircuito. Todo lo que decía por voz también lo hacía por datos por escrito, para no dejar dudas", explicó.

"Hay dos o tres de telefonía y dos de datos. En ellas, se informa la falla y después la solicitud del cambio, disminuyendo la cantidad de días en el campo de operaciones. Hubo una que duró entre seis y siete minutos y fue el último contacto entre los jefes de operaciones", agregó.

Ese 15 de noviembre el ARA San Juan había informado la entrada de agua de mar cuando realizaba el snorkel y estaba cargando baterías, en momentos de gran oleaje. El agua se dirigió por el sistema de ventilación a una bandeja de conexión de las baterías de proa provocando un cortocircuito y humo que, según reportó el capitán al comando superior, fue subsanado, lo que determinó que siguiera navegando en inmersión hacia la base de Mar del Plata. Pero nunca más se supo de él.

Pocas horas después se produjo una explosión que fue detectada por la Organización para la Prohibición Total de Pruebas Nucleares (CTBTO, por sus siglas en inglés) y que podría estar vinculada al submarino.