En la Selección Argentina, Andújar fue parte de los planteles en los Mundiales 2010 (con Diego Maradona) y 2014 (con Alejandro Sabella) y en Copa América estuvo en 3: 2011 (con el Checho Batista) y con el Tata Martino en 2015 y 2016, disputando 11 partidos.Fue citado por primera vez el 11 de noviembre de 2007 para los cruces con Venezuela y Bolivia, y en 2009 debutó en un cotejo ante Colombia. Tras unos partidos oficiales y amistosos, Sergio Romero se apoderó del arco y se a poco se fue transformando en el récord de presencias.

"Uno siempre trabaja para poder recibir la citación y Diego me citó siempre y eso lo sentí. Todavía no caigo que voy a jugar el Mundial. Estar en una lista de algo tan importante no va a pasar todos los días y hay que disfrutarlo", había señalado en el momento de ser confirmado para la cita en Sudáfrica.

Durante la Copa América de 2015, Andújar sufrió la “fractura de escafoides derecho”, con lo cual quedó desafectado del plantel del Tata, y tiempo después reveló que "más allá de que me puso en la Selección, lo que más rescato de Diego es su lado humano. Siempre que me pasó algo, él estuvo presente. Cuando me lesioné la mano, me llamó para desearme suerte en la operación…”. Además, fue citado por Edgardo Bauza hasta su salida en 2017.  “La verdad es que me hubiera gustado jugar mucho más en la Selección, pero delante lo tenía a “Chiquito”, que no faltaba nunca y lo hacía muy bien. Logré ser el segundo arquero de los planteles y eso me enorgullece, no es para despreciar, sino para que tome relevancia el nivel que tenía. Soy un agradecido de haber participado en dos Mundiales y en tres Copas América”.

“La Selección es un mundo aparte para mi y cuando estaba la lista del Mundial, éramos tres arqueros, cada uno debe ocupar su rol y había que entenderlo lo más rápido posible porque de esa manera el grupo se fortalece. Siempre estuve ahí para que a Sergio le fuera lo mejor posible, porque si a él le iba bien, terminábamos ganando todos. Cuando uno va a la Selección, es completamente diferente de lo que vive en el club día a día”, culminó.

Al poder compartir plantel con Lionel Messi, en una oportunidad Mariano Andújar contó una anécdota con los penales que el 10 le pateaba en las prácticas y lo que le decía, en relación a que si Argentina tenía que llegar a la instancia de definir desde los doce pasos, como fue en el Mundial 2014, en la semifinal con Países Bajos.“Me pateó como cuarenta penales y me decía ‘le voy a pegar siempre fuerte, arriba y a la izquierda…”, señaló el “1”. ¿Cómo pateó la Pulga su remate ante el seleccionado Naranja? Hacia la derecha… 

En un partido que Estudiantes le ganó 3-2 a Huracán en el Ducó, Andújar tuvo una reacción ante los hinchas del Globo, cuando saltó un cartel de publicidad y fue enfurecido lanzando golpes de puño contra el alambrado, por lo cual la Fiscalía de turno de la Ciudad de Buenos Aires le labró un Acta Contravencional.

Luego, el arquero pidió disculpas por lo sucedido y por su reacción, explicando que “solamente tengo palabras de agradecimiento con Huracán, estuve en el club desde los 7 años hasta los 21, nunca tuve una manifestación en contra de la institución pero en cada partido que fui al Ducó jamás entendí el porqué de tanta bronca hacia a mí. Había personas que durante la segunda etapa estuvieron gritando barbaridades sobre mi padre fallecido, con conocimiento y situaciones dolorosas transcurridas. Hay límites que deberían no cruzarse pero acá estamos y así fue. A esos que intentaron denigrarme no les pido disculpas…”. Además dejó en claro que se disculpó con los dirigentes de Estudiantes y de Huracán y que se comunicó con Jorge Baliño, árbitro del partido.